Jaapani keeles on mitte üks – nagu eesti keeles – vaid koguni 4 kirjasüsteemi. Peamine ja kõige ulatuslikum on kanji. See koosneb umbes 6000 märgist, millest igaüks väljendab lisaks foneetilisele väärtusele ka konkreetset mõistet või ideed. Lisaks logograafilisele kirjale kasutavad jaapanlased kahte silpkirja, kanat ja ka rōmajit, ladina tähestikku, tänu millele saavad välismaalased hõlpsasti lugeda jaapani nimesid ja väljendeid.
Jaapani traditsioonilised tähestikud on välja töötatud hiina kirja põhjal, mis jõudis tõusva päikese maale umbes 5. sajandil pKr. Sajandite jooksul on jaapanlased hiina kirjutamissüsteemi ümber kujundanud, kohandades seda oma vajadustele. Kuigi hiina ja jaapani keel võivad välismaalastele tunduda väga sarnased, on need idamaade keeled oma struktuurilt selgelt erinevad. Üks oluline erinevus on jaapani keeles kasutatav fleksioon – mis hiina keeles puudub. Verbide ja omadussõnade konjugeerimist võib pidada üheks põhjuseks, miks jaapanlased kasutavad paralleelseid kirjasüsteeme – logograafilist kanjit ja silpkirja kanat.
Kana hõlmab kahte jaapani silpkirja süsteemi, mis võeti kasutusele u VIII sajandil ja mis kujunesid välja Heiani ajastul. Erinevalt kanji märkidest väljendavad kana märgid ainult foneetilist väärtust, seega 1 tähemärk = 1 semantiliselt neutraalne silp. Silpsüsteemi eesmärk oli lihtsustada jaapani keele kirjutamist ja hõlbustada selle igapäevast kasutust. Kuigi märkimisväärset osa jaapani sõnadest saab sellisel viisil kirjutada, kasutavad seda lihtsustust vaid keeleõpet alustavad välismaalased. Jaapanlased kasutavad kanat igapäevaselt ainult konkreetsete sõnakategooriate ja helide kirjapanekuks.
Mõlemas jaapani keele silptähestikus on 46 märki. Igal hiragana märgil on oma vaste katakana kirjas. See tähendab, et iga jaapani silpi saab kirjutada kahel viisil. Põhilised kana märgid ei võimalda kõiki jaapani sõnu üles kirjutada. Uued silbid luuakse kahe paralleelse joone või ringi lisamisega paremas ülanurgas ja vähendatud tsu-märgi kasutamisega, mis kahekordistab kõnealuse tähe. Hiragana ja katakana ei erine mitte ainult üleskirjutuse, vaid eelkõige kasutuse poolest, mis määrab rangelt nende funktsioonid jaapani kirjakeele struktuuris.
Hiragana on esimene jaapani silpkirjadest ja mõnevõrra vähem keeruline. Algul, kui uus kirjaviis ei olnud veel üldiselt aktsepteeritud, kasutasid hiraganat peamiselt naised. Jaapanlannad kasutasid seda isiklikuks kirjavahetuseks ja kirjandusteoste kirjutamiseks. Jaapani naiskirjanduse üks klassikalisi teoseid – Genji monogatari (jaapani keeles „Genji lugu“; 11. saj. pKr) – mida on mõnikord nimetatud ka esimeseks psühholoogiliseks romaaniks – on kirjutatud just hiraganat kasutades. Tänapäeval kasutatakse seda kana versiooni abisõnade ja järelliidete kirjutamiseks (muudetud sõna kirjutatakse kanji ja kana märkide kombinatsioonis), samuti sõnade kirjutamiseks, mida ei saa kirjutada kanjis. Hiragana on abiks ka neile unupeadele, kes teavad küll sõnade kõla, kuid ei mäleta nende logograafilist sümbolit.
Kuigi esimene jaapani silpkiri omistati algselt naistele, on katakana ajalooliselt seostatud meeste maailmaga, kes kasutasid seda muu hulgas ametlike tekstide kirjutamiseks. Tänapäeval kasutatakse seda nii sõnade kui ka võõrpäritolu pärisnimede, taime- ja loomaliikide ning onomatopoeetiliste sõnade kirjutamiseks. Katakanat kasutatakse ka tekstis olevate sõnade rõhutamiseks ja esiletõstmiseks.
Jaapani keele kirjutamise õppimist alustatakse tavaliselt kõige lihtsamast märkide tähestikust, hiraganast. Kui see on omandatud, võetakse kasutusele täiendavad katakana märgid ja lisasümbolid, mis võimaldavad helide pehmendamist ja pikendamist ning helitute helide muutmist helilisteks. Juba algusest peale tasub õppida ära joonte tõmbamise õige järjekord ja suund – ainult üksikute märkide täpne kirjutamine annab kindluse, et neid ka loetakse õigesti. Samuti on väga oluline teha vahet käsitsi kirjutatud ja trükikirjal, sest kirjamärgid on kergelt erinevad.
Jaapani kiri on üks keerulisemaid keelesüsteeme. Sellegipoolest leidub kogu maailmas julgeid jaapani kalligraafia ja keele harrastajaid, kes tegelevad jaapani keele õppimisega. Tänu saareriigi tehnoloogilisele võimsusele peetakse jaapani keelt sageli piletiks rahvusvahelisele karjäärile. Ka Eestis leidub peaaegu igas suuremas linnas keelekoole, mis pakuvad jaapani keele kursusi ning jaapani filoloogia on Eesti ülikoolides üks populaarsemaid erialasid.